超微米气泡的形成为酶解过程提供能量，在DNA水解过程中，DNA和酶的疏水部位发生空化形成纳米气泡，气泡将水排出表面的过程中的能量是限制性内切酶的能量来源。有了这种能量来源，限制性内切酶可以将外来的DNA切断，能够限制异源DNA的浸入并使之失去活力，但对自身的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。